在临床用药中，奥硝唑和甲硝唑都是常用的抗菌药物，主要用于治疗由厌氧菌或原虫引起的感染。虽然它们的作用机制相似，但两者在化学结构、适应症以及副作用等方面存在显著差异。

首先，从化学结构来看，奥硝唑是硝基咪唑类化合物的一种，其分子中含有硝基，这使得它具有更强的氧化还原能力。相比之下，甲硝唑也是硝基咪唑类药物，但它对某些特定病原体可能不如奥硝唑敏感。这种细微的差别导致了两种药物在疗效上的不同。

其次，在适应症方面，奥硝唑通常用于更广泛的感染类型，包括但不限于妇科炎症、肠道感染等。而甲硝唑则更多地被应用于口腔科相关的感染治疗，如牙周炎等。此外，对于某些特定类型的寄生虫感染，如贾第鞭毛虫病，奥硝唑可能会提供更好的治疗效果。

再者，关于副作用，尽管两者都可能导致恶心、呕吐等胃肠道不适反应，但由于奥硝唑的代谢途径较为复杂，因此在某些情况下可能会引起不同的不良反应。例如，个别患者使用奥硝唑后可能出现过敏反应或者神经系统症状，而这些情况在甲硝唑中的发生率相对较低。

最后值得一提的是，由于奥硝唑的价格通常高于甲硝唑，并且并非所有医疗机构都能方便获得，所以在选择时需要综合考虑患者的经济状况及病情严重程度等因素。

综上所述，虽然奥硝唑和甲硝唑同属一类药物，但在实际应用中应当根据具体情况进行合理选择。医生会依据患者的实际情况来决定最适合的治疗方案，以确保安全有效地控制感染。如果您正在服用其中任何一种药物，请务必遵循医嘱并注意观察自身反应，如有异常应及时就医咨询。